La finalidad es administrar y conservar, sin fines de lucro, los bienes aportados y los que a futuro llegaren a formar parte del Fideicomiso Galápagos para salvaguardar, conservar y proteger el estado de dichos bienes que forman parte de este patrimonio natural de la humanidad conforme a las instrucciones, políticas y prácticas del Constituyente, el cual es una organización internacional sin fines de lucro con experiencia en el manejo de áreas sobre las cuales existe un interés de protección.